1947 yılında Avustralya, Güney Hint Okyanusu'ndaki egemenlik haklarını pekiştirmek amacıyla kapsamlı bir Antarktika politikası geliştirmeye başlamış ve Avustralya Antarktika Araştırma Seferleri (ANARE — Australian National Antarctic Research Expeditions) programını hayata geçirmiştir. Bu program çerçevesinde Heard Adası'nda ilk kalıcı araştırma üssü kurulmuş ve bilim insanları ada üzerinde meteoroloji, jeoloji ve biyoloji alanlarında kapsamlı gözlemler yürütmüştür. Bayrak ise bu araştırma istasyonunun kuruluşuyla birlikte fiilî kullanıma girmiş; Avustralya devletini temsil eden resmi görev gemileri ve üs binaları üzerinde dalgalanmaya başlamıştır.
1986 yılında McDonald Adaları'nda da kısmi araştırma çalışmaları yürütülmüş ve bölgenin eşsiz ekolojik önemi uluslararası arenada tanınmaya başlamıştır. Bu gelişmelerin doruk noktası, 1997 yılında bölgenin UNESCO Dünya Mirası Listesi'ne alınmasıdır; söz konusu statü, adaları dünyanın en önemli deniz ekosistemi koruma alanlarından biri olarak tescil etmiştir. McDonald Adaları'nın, buzul erimesi nedeniyle 1980'lerden bu yana dramatik biçimde genişlediği — yaklaşık dört katına çıktığı — bilimsel gözlemlerle kanıtlanmıştır; bu durum, bölgeyi iklim değişikliği araştırmaları açısından küresel ölçekte kritik bir saha haline getirmiştir. Bölgenin bayrağı, tüm bu süreçlerde araştırma gemileri ve Avustralya hükümeti belgelerindeki resmî kimliğin simgesi olmayı sürdürmüştür.
2004 yılında Avustralya, adalar çevresinde Heard Adası ve McDonald Adaları Deniz Parkı'nı ilan etmiş; bu koruma alanı, 6,5 milyon hektarı aşan yüzeyiyle dünyanın en büyük deniz koruma alanlarından biri olmuştur. Bu dönemden itibaren bayrak, yalnızca egemenlik sembolü olarak değil, aynı zamanda çevre koruma ve sürdürülebilirlik misyonunun da görsel temsilcisi olarak anlam kazanmıştır.
