Moğolistan bayrağının renkleri, derin tarihsel ve kültürel anlamlar taşır. Bayrağın %60,6'sını kaplayan iki kırmızı şerit, ilerlemeyi, refahı ve güçlü bir gelecek umudunu simgeler. Kırmızı aynı zamanda Moğol geleneğinde ateşin, cesaretin ve yaşam enerjisinin rengidir. Ortadaki koyu mavi şerit (%33) sonsuz gökyüzünü — Tengri'yi (Gök Tanrı) — temsil eder. Türk ve Moğol halklarının ortak inancı olan Tengrizm'de mavi, en kutsal renktir; "Mönkh Khökh Tengri" (Sonsuz Mavi Gök) kavramı, tüm Türk-Moğol kültürlerinin temel taşıdır.
Türkiye ile Moğolistan arasındaki tarihsel bağ, bayrak sembolizminde de yankısını bulur. Hunlar, Göktürkler ve Cengiz Han İmparatorluğu dönemlerinde Türk ve Moğol halkları ortak bir kültürel havzayı paylaşmıştır. Moğolistan bayrağındaki Soyombo sembolündeki ateş motifi, Türk kültüründeki "ocak" geleneğiyle paralellik gösterir — her iki kültürde de ateş, ailenin ve ulusun devamlılığının simgesidir. Yin-yang unsuru ise Orta Asya'nın kadim kozmolojik geleneğini yansıtır.
Moğolistan bayrağındaki altın sarısı Soyombo (%6,5), Pantone 116C renk koduyla tanımlanmıştır ve bayrağın en küçük ama en güçlü görsel unsurudur. Soyombo'nun toplam yedi bileşeni (ateş, güneş, ay, iki sütun, iki üçgen ve yin-yang) tek bir dikey kompozisyonda birleşir — bu, herhangi bir ulusal bayrakta bulunan en yoğun sembolik yüktür. Bir veksiloloğun deyişiyle, "Soyombo tek başına bir bayrak değil, bir kozmoloji kitabıdır." Bu karmaşıklık, Moğolistan bayrağını dünya bayrakları arasında benzersiz kılar.
